Organización de las Tres Órdenes
Primera Orden
Siguiendo a la organización actual de la Orden Franciscana, los Frailes Menores, o primera orden, comprende ahora tres cuerpos separados, llamados: los Frailes Menores propiamente dichos, o tallo madre, fundado como se ha dicho, en 1209; los Frailes Menores Conventuales, y los Frailes Menores Capuchinos, ambos de los cuales crecieron del tallo madre, y fueron constituidos como órdenes independientes en 1517 y 1619, respectivamente.
Todas las tres órdenes profesan la regla de los Frailes Menores aprobada por Honorio III en 1223, pero cada una tiene sus constituciones particulares y su propio ministro general. Las varias fundaciones menores de los frailes Franciscanos siguieron la regla de la primer orden, la cual alguna vez disfrutó de una existencia apartada o casi apartada, se han ya sea extinguido, como los Clareni, Coletani y Celestinos, o se han amalgamado con los Frailes Menores, como en el caso de los Observantes, Reformati, Recollects, Alcantarinos, etc. (Todos ellos fundaciones menores, ahora extintos, ver (FRAILES MENORES)
Segunda Orden
En cuanto a la Segunda Orden, o Hermanas Descalzas, ahora comúnmente llamadas Clarisas Descalzas, esta orden incluye a todos los diferentes monasterios de monjas enclaustradas que profesan la Regla de Santa Clara aprobada por Inocencio IV en 1253, ya sea que observen la misma en toda su exigencia original o de acuerdo a las dispensas otorgadas por Urbano IV, el 18 de octubre de 1263 (Litt. "Beata Clara") o las constituciones compuestas por Santa Colette (m. 1447) y aprobada por Pío II, el 18 de marzo de 1458 (Litt. "Etsi"). Las Hermanas de la Anunciación y los Conceptualistas son en cierto sentido ramificaciones de la segunda orden, pero siguen ahora reglas diferentes de aquellas de las Hermanas Descalzas.
Tercera Orden
En relación a los Hermanos y Hermanas de Penitencia o Tercera orden de San Francisco, es necesario distinguir entre la tercera orden secular y la tercera orden regular.
Secular. La tercera orden secular fue fundada, como hemos visto, por San Francisco, alrededor de 1221 y abraza a personas devotas de ambos sexos que viven en el mundo y que siguen una regla de vida aprobada por Nicolás IV en 1289, y modificada por León XIII el 30 de mayo de 1883 (Constit. "Misericors"). Incluye no sólo a los miembros que forman parte de fraternidades lógicas, sino también a los aislados terciarios, ermitaños, peregrinos, etc.
Regular. La antigua historia de la tercera orden regular es incierta y susceptible de controversia. Algunos atribuyen su fundación a Santa Isabel de Hungría en 1228, otros a la Bendita Angelina de Marciano en 1395. Se dice que esta última estableció en Foligno el primer monasterio Franciscano de monjas terciarias enclaustradas en Italia. Existe certeza que a principios del siglo quince existían comunidades terciarias de hombres y mujeres en diferentes partes de Europa y que los frailes italianos de la tercera orden regular eran reconocidos como una orden mendicante por la Santa Sede. Desde alrededores de 1458 éste último cuerpo ha sido gobernado por su propio ministro general y sus miembros toman votos solemnes.
Nuevas Fundaciones. Además de esta tercera orden regular, propiamente llamada así, y de manera muy independiente de ella, un gran número de congregaciones terciarias Franciscanas -tanto de hombres como de mujeres- han sido fundadas, más especialmente desde el principio del siglo diecinueve. Estas nuevas fundaciones han tomado como base de sus institutos una regla especial para miembros de la tercera orden que viven en comunidad, aprobada por León X el 20 de enero de 1521 (Bula "Inter"), aunque esta regla ha sido ampliamente modificada por su constituciones en lo particular, y difiere ampliamente en cada fundación, de acuerdo al fin de cada una. Estas varias congregaciones de terciarios regulares son ya sea autónomos o están bajo jurisdicción episcopal, y en su mayor parte son Franciscanas sólo de nombre, no siendo pocos los que han abandonado el hábito y hasta el tradicional cordel de la orden.